1、本罪與非罪的界限

認定本罪，一看行為人的行為是否違反規章制度。如果行為人的行為是照章行事的，不違反規章制度，即便發生重大事故，致人重傷、死亡或者使公私財產遭受重大損失，也不構成犯罪.。二看是否造成了嚴重后果。行為人雖然違反了規章制度，但未造成嚴重后果的，不構成犯罪。三看違章行為與嚴重后果之間是否有因果關系。即使在行為人的違章行為之后，發生了重大事故，但不是行為人的違章行為引起的，二者之間沒有因果關系，不構成犯罪。四看行為人主觀上有無過失。如果行為人主觀上既無故意，又無過失，嚴重后果是由于不能預見或者不可抗拒的原因引起的，屬于意外事件，不構成犯罪。

2、本罪與交通肇事罪的界限

兩罪都是過失犯罪，行為人都實施了違反規章制度的行為，都造成了重大事故，并且都是屬于交通方面的重大事故.。但是，兩者有著明顯區別：

（1）犯罪主體不同。鐵路運營安全事故罪的犯罪主體是特殊主體，僅限于鐵路職工；交通肇事罪的犯罪主體是一般主體，包括交通運輸人員和非交通運輸人員。

（2）違反的規章制度不同.。鐵路運營安全事故罪違反的是鐵路等部門制定的有關運輸管理、維修管理、操作規程、安全管理等方面的規章制度；交通肇事罪違反的是同保證交通運輸安全有直接關系的各種法律、法規與制度，其范圍較廣。

（3）犯罪客體稍有不同。鐵路運營安全事故罪侵犯的客體是鐵路運營的安全；交通肇事罪侵犯的客體主要是陸路和水路交通運輸的安全.。

3、本罪與重大責任事故罪的界限

兩者都是過失犯罪，行為人都有違反規章制度的行為，并且都發生了重大事故，造成了嚴重后果。兩者的區別主要有：

（1）犯罪主體不同。兩者都是特殊主體，但鐵路運營安全事故罪的犯罪主體只能是鐵路職工；重大責任事故罪的主體僅限于工廠、礦山、林場、建筑企業或其他企業、事業單位的職工以及群眾合作經營組織或個體經營戶的從業人員。

（2）發生的場合不同.。鐵路運營安全事故罪發生在列車運營過程中；重大責任事故罪則發生在生產、作業過程中.。.。