（一）本罪與非罪的界限

認(rèn)定本罪一看行為人的行為是否違反規(guī)章制度。如果行為人的行為是照章行事的，不違反規(guī)章制度，即使發(fā)生重大事故，致人重傷、死亡或者使公私財(cái)產(chǎn)遭受重大損失，也不構(gòu)成犯罪。二看是否造成了嚴(yán)重后果。行為人雖然違反了規(guī)章制度，但未造成嚴(yán)重后果的，不構(gòu)成犯罪。三看違章行為與嚴(yán)重后果之間是否有因果關(guān)系。即使在行為人的違章行為之后，發(fā)生了重大事故，但不是行為人的違章行為引起的，二者之間沒有因果關(guān)系，不構(gòu)成犯罪。四看行為人主觀上有無過失.。如果行為人主觀上既無故意，又無過失，嚴(yán)重后果是由于不能預(yù)見或者不可抗拒的原因引起的，屬于意外事件。

（二）本罪與暴力危及飛行安全罪的界限

兩者都是與飛行安全有關(guān)的犯罪，其主要區(qū)別在于：

（1）犯罪主體不同。重大飛行事故罪的犯罪主體是特殊主體，僅限于航空人員，暴力危及飛行安全罪的犯罪主體是一般主體，而且實(shí)踐中一般為航空人員以外的人.。

（2）犯罪客觀方面不同。重大飛行事故罪表現(xiàn)為航空人員違反規(guī)章制度，發(fā)生重大飛行事故，造成嚴(yán)重后果的行為；暴力危及飛行安全罪則表現(xiàn)為對(duì)飛行中的航空器上的人員使用暴力，危及飛行安全的行為.。

（3）構(gòu)成犯罪的要求不同。重大飛行事故罪要求行為人實(shí)施違章行為之外，還必須發(fā)生特定的重大飛行事故或嚴(yán)重后果，方可構(gòu)成犯罪；暴力危及飛行安全罪是危險(xiǎn)犯，犯罪的成立并不要求出現(xiàn)實(shí)際的嚴(yán)重后果，只要對(duì)飛行中的航空器上的人員使用暴力，危及飛行安全的，即可構(gòu)成犯罪，如果出現(xiàn)了實(shí)際的嚴(yán)重后果，則構(gòu)成結(jié)果加重犯，在較重的量刑檔次內(nèi)裁量刑罰。

（4）犯罪主觀方面不同.。重大飛行事故罪是過失犯罪，在主觀方面表現(xiàn)為過失；暴力危及飛行安全罪是故意犯罪，在主觀上表現(xiàn)為故意。

（三）本罪與過失損壞交通工具罪的界限

它們都是過失犯罪，都會(huì)造成一定的嚴(yán)重后果并以此作為構(gòu)成犯罪的必備要件，它們的主要區(qū)別：

（1）犯罪主體不同。前者的犯罪主體是特殊主體，僅限于航空人員；后者的犯罪主體是一般主體.。

（2）發(fā)生嚴(yán)重后果的原因不同。前者發(fā)生的原因是由于航空人員違反規(guī)章制度，實(shí)施了違章行為；后者發(fā)生的原因則是由于行為人實(shí)施了對(duì)交通工具、交通設(shè)施的損壞行為.。

司法實(shí)踐中，航空人員在工作中過失損壞航空器的重要部件或機(jī)場(chǎng)重要設(shè)施，叢而發(fā)生重大飛行事故，造成嚴(yán)重后果的，應(yīng)視行為人的過失損壞行為是否違反規(guī)章制度而定.。如果違反了規(guī)章制度，則應(yīng)是重大飛行事故罪；如果沒有違反規(guī)章制度，則應(yīng)定為過失損壞交通工罪或過失損壞交通設(shè)施罪。

（四）本罪與重大責(zé)任事故罪的界限

兩者都是過失犯罪，都實(shí)施了違反規(guī)章制度的行為，并且以發(fā)生重大事故，造成嚴(yán)重后果作為構(gòu)成犯罪的必備條件。兩主要區(qū)別在于：

（1）犯罪主體不同.。盡管兩者都是特殊主體，重大飛行事故罪的犯罪主體僅限于航空人員；重大責(zé)任事故罪的罪主體則只能是工廠、礦山、林場(chǎng)、建筑企業(yè)或其他企業(yè)、事業(yè)單位的職工以及群眾合作經(jīng)營(yíng)組織或個(gè)體經(jīng)營(yíng)戶的從業(yè)人員.。

（2）發(fā)生的場(chǎng)合不同。重大飛行事故罪發(fā)生在航空器的飛行過程中，而重大責(zé)任事故罪則發(fā)生在生產(chǎn)、作業(yè)過程中。。