（一）本罪與組織他人偷越國（邊）境罪的區別

二罪的區別是明顯的，主要區別在于客觀方面不同.。運送他人偷越國（邊）境罪表現為行為人為他人提供運輸工具，并且將他人送出或送入國（邊）境.。組織他人偷越國（邊）境罪表現為采取煽動、串連、拉攏、引誘、欺騙、強迫等手段，策劃聯絡安排他人偷越國（邊）境。

司法實踐中，經常表現為既組織又運送的行為，對此如何定罪，我們認為如果組織和運送的是同一批偷越國（邊）境者，按組織他人偷越國（邊）境罪定罪處罰.。如果既組織他人偷越國（邊）境，又運送他人偷越國（邊）境、這些偷越國（邊）境又不是同一批的，應定組織他人偷越國（邊）境罪和運送他人偷越國（邊）境罪兩罪，二罪并罰。

（二）本罪一罪與數罪的問題

本條第2款規定：“對被運送人有殺害、傷害、強奸、拐賣等犯罪行為，或者對檢查人員有殺害、傷害等犯罪行為的，依照數罪并罰的規定處罰”。在運送他人偷越國（邊）境犯罪過程中，對被運送人有殺害、傷害、強奸、拐賣等犯罪行為，或者對檢查人員有殺害、傷害等犯罪行為的，運送他人偷越國（邊）境罪與殺人、傷害、強奸等這幾種犯罪是獨立的數罪關系，因此，應當按照運送他人偷越國（邊）境罪和另外實施的故意殺人、故意傷害、強奸等犯罪行為，分別定罪判刑，然后實行并罰。。