1、本罪與盜竊罪的界限.。兩者雖然都是以非法占有為目的，秘密竊取財物，但前者盜竊的不是一般公共財物，而是正在使用中關系到交通運輸安全的設施，這種盜竊行為，不僅侵犯財產關系，而且嚴重危害交通運輸安全；同時行為人對其行為可能造成交通工具傾覆或者毀壞的危險大多采取放任態度，即表現為間接故意。因此，這種行為既是盜竊罪，又是破壞交通設施罪，應當按一個重罪即破壞交通設施罪定罪判刑。而盜竊罪竊取的是一般公私財物，或者盜竊未投入使用的交通設備，不影響交通運輸安全，其侵犯的客體只是公私財產權利，因此，與上述以盜竊交通設施為目的而構成的破壞交通設施罪，有本質區別.。

2、本罪與破壞交通工具罪的區分.。破壞交通設施罪和破壞交通工具罪都是危害交通運輸安全的犯罪，兩者的主要區別在于侵犯的對象不同。破壞交通設施罪侵犯的對象是正在使用中的軌道、橋梁、隧道、公路、機場、航道、燈塔、標志等保證交通工具正常行駛的交通設施，通過破壞這些交通設施來達到引起火車、汽車等交通工具發生傾覆、毀壞危險；而破壞交通工具罪侵犯的對象則直接指向正在使用中的火車、汽車、電車、船只、航空器等交通工具本身，通過破壞交通工具本身，來引起交通工具發生傾覆、毀壞危險。。