與偽造、變造、買賣國家機關證件罪的區別‌：本罪侵犯的客體是國家金融管理制度，而后者侵犯的客體是國家機關的正常管理活動。‌
對象上，本罪僅限于金融機構經營許可證，后者則涵蓋所有國家機關的證件。‌
行為方式上，本罪包括轉讓，后者則包括買賣、盜竊、搶奪等。‌
若行為人偽造、變造金融機構經營許可證，即使該證件屬于證件范疇，也因立法特別規定以本罪論處；但若盜竊、搶奪或毀滅金融機構經營許可證，則可能構成盜竊、搶奪、毀滅國家機關公文、證件、印章罪.。‌

‌與偽造、變造、買賣公司、企業、事業單位、人民團體證件罪的區別‌：本罪的對象嚴格限定為金融機構經營許可證，而后者對象包括公司、企業等單位的證件。‌
例如，偽造煙草專賣經營許可證或金融機構的營業執照不構成本罪，而可能適用后者罪名.。‌。