就組織系統而言，一般可以認為有兩種模式，一種是基于職能的劃分方式，每一職能部門對應一種專業分工，或者對應一條產品線；另一種是基于項目的，每一個部門或項目組負責一個或一類項目，其責任隨著項目的開始而開始，隨著項目的結束而結束，這種模式在建筑行業比較典型。在基于職能的組織模式中，也存在項目管理，但往往是局限在職能部門內的，當項目跨越職能部門時，就會出現四種可能的情況： 1、 各職能部門派人參加項目，參加者向本部門領導報告，跨部門的協調在各部門領導之間進行，沒有專職的項目經理。這種做法是在基于職能的組織結構中最常見的項目組織方式。 2、 由各職能部門派協調人參加項目，參加者向本部門領導報告，跨部門的協調在各部門派出的協調人之間進行，沒有專職的項目經理。這種組織方式也是基于職能的組織結構中很常見的項目組織方式，其工作效率較前者略高，但和前者一樣，由于沒有人對項目負責，項目組織效果很有限。但畢竟有了通過非部門領導的協調人之間的橫向溝通，所以也把這種組織結構稱為弱距陣結構。 3、 在上述弱距陣結構的基礎上，指定其中的一名協調人作為項目經理，負責項目的管理，其他各部門委派的協調人不僅要向本部門報告，在項目過程中還要向項目經理報告，項目經理有一定的權利安排參加者們的工作。由于項目經理的出現，使項目管理得到了一定程度上的保證，會大大提高項目的工作效率，這種組織結構被稱為平衡距陣結構。 4、 在上面平衡距陣的基礎上，增加與各職能部門平行的專門的項目管理辦公室，負責企業內的項目管理，專職的項目經理都歸項目管理辦公室管理。由于有了專門的組織負責項目管理，項目管理作為企業內的一項任務長期存在，并能夠不斷地積累、發展，項目經理也不是根據項目臨時任命，而是成為常設崗位，這樣從組織上、人員上都使項目管理得到了保障。這種結構也稱為強距陣結構。 在項目組內部，其組織結構一般都盡可能采取扁平式的組織結構，這是項目管理的特點所決定的。企業的運行工作具有穩定、重復的特點，而項目則具有臨時、獨特、逐步優化的特點，因此項目管理過程也往往具有其獨特性和未知性。這就更需要面向目標的管理，要讓項目的參與者都充分了解項目的目標，并為達到共同的目標發揮各自的作用，項目有關信息在項目組中需要充分地共享。這與傳統企業的層級組織結構是有很大差異的。如果說軍隊是傳統的層級組織的代表，那么項目管理的組織方式就更象樂隊，演奏者之間都是平等的，大家都清楚地了解整個樂譜和自己的角色，主動配合整個樂隊的演奏，通過出色地完成自己的演奏而為整個樂隊添色。這是項目管理在管理文化上與傳統層級管理的最大差別。