“存疑有利于被告”原則，在司法實務中經常被援用，且有濫用傾向。原因是對該原則的認識產生偏差。因此，有必要對該原則的含義及其有限性問題進行探究，以便于準確掌握和適用該原則。 所謂“存疑有利于被告”原則，是指據以定罪量刑的事實存在疑問，應當不予認定。該原則是疑罪從無、無罪推定的擴展，是把疑罪從無、無罪推定的機理運用到所有犯罪以及量刑事實的認定領域。 包括重罪事實存疑，則對重罪事實不予認定；多起犯罪中部分犯罪事實存疑，則對該部分事實不予認定；從重情節事實存疑，則對該情節不予認定等。 運用“存疑有利于被告”原則，必須注意該原則并不是普遍適用的原則。其適用受到限制，具體表現為： （1）法律之疑不適用“存疑有利于被告”原則。法律適用上的爭議比較常見。對于法律之疑的解決，應當遵循法律解釋方法、法律解釋規則處理。如果遇到法律爭議，就做有利于被告人的解釋，那么將破壞法律的統一性，動搖法治的根基。 （2）只適用于對被告人不利的事實，不適用于對被告人有利的事實。無罪推定的原理是指控被告人犯罪的事實都需要控方證明，如果不能提供確實充分的證據，就要推定被告人無罪。基此，對所有不利于被告人的存疑事實，都應該予以排除。 但是，如果對有利于被告人的事實，適用“存疑有利于被告”原則，那么，在邏輯上則是把有利于被告人的存疑事實推定為存在，這違背了證明的基本規則。如在死無對證的案件中，被告人把案件起因上的責任都推給了死者，但不能得到證明。 這種情況下，如果按“存疑有利于被告”原則進行認定，那么等于對被告人供述的存疑事實給予了認定。因此，對于有利于被告人的事實，不能適用“存疑有利于被告”原則。 （3）在共同犯罪中，對其中的部分犯罪事實查不清具體是哪個被告人所為，不適用“存疑有利于被告”原則。如兩個被告人都推脫是對方動手殺人，自己只是從旁幫助了一下，具體是誰實施殺人查不清。這種情況應該對二被告人在整個犯罪過程中的地位、作用進行判斷，從犯意提出，犯罪工具準備，選擇作案對象、時間、地點，獲利分贓等情況，判斷哪個被告人的作用更大，然后按照主犯應對其所參與的或者組織的全部犯罪定罪處罰。