1、第三方物流商與顧客之間的合同風險。在第三方物流主合同中，物流經營人承擔的責任很大。從貨物接收到貨物最終交付到客戶手中，在整個過程中無論何時何處，無論是否在其實際控制之下，或轉由其他公司運輸或保管，也無論是否屬于其自身責任，對客戶來講，只要貨物發生問題，都要由第三方物流經營人來承擔責任。 可見，第三方物流經營者的風險貫穿于整個物流運作過程中，稍有不慎可能就會使風險變成事實的損失。因此，及時、準確地識別風險是有效預防風險避免損失的前提。 2、第三方物流商與分包方之間的合同風險。作為獨立合同人，不論是其本身過錯還是分包方過錯，第三方物流商都要先承擔對外賠付的責任。雖然在賠償顧客損失后可以向有過錯的分包方追償，但由于第三方物流主合同和分包合同是背對背合同，所適用的法律往往是不一樣的，其豁免條款、賠償責任限額及訴訟時效也是不一樣的，致使在多數情況下不能得到完全賠付， 這種賠償差額的風險也是第三方物流商需要著力避免的。更糟糕的是，如果選擇分包商時遇上資信不好的分包商，可能會攜貨潛逃，使第三方物流商損失慘重。面對激烈的市場競爭，既要積極開展業務，加強與分包商的合作，又要考慮如何避免這種合作風險，是第三方物流經營者不可回避的難題。 3、第三方物流商與信息系統提供商之間的合同風險。第三方物流企業在選擇自己的信息技術服務商以設計、建立、維護物流信息系統的高速、有效運轉時，常會碰到兩個問題：一是信息系統出現故障。二是商業秘密受到侵犯。鑒于現代物流服務合同很多都明確規定第三方物流企業應及時準確不間斷向客戶提供貨物信息，一旦信息系統發生故障造成物流業務無法正常進行，不能及時履行向客戶提供信息的服務，甚至資料全部丟失，損失相當可觀。 合同訂立過程中存在的風險。在第三方物流企業與客戶之間簽署合同時，人們發現某些大客戶憑借自己雄厚的經濟實力，在談判中往往處于有利的地位，提出一些苛刻的要求與條件，而第三方物流企業常常迫于商業上的壓力而被迫接受這些條款。合同中訂立的此類極不合理的條款，使第三方物流商承擔了潛在的巨大風險，一旦發生糾紛，后果將十分嚴重。 因此，在訂立合同時，不應該忽視法律適用問題上存在的風險。 合同履行過程中存在的風險。如在接貨時如果不認真核對接收貨物的名稱、數量、現狀是否與合同一致，交貨時沒有嚴格核對收貨人的身份是否與合同上的收貨人一致， 都可能會使第三方物流商蒙受巨大損失。雖然這些風險很容易識別，但有時越是簡單的越是容易被忽視，對于這些明顯的風險，第三方物流商更應提高警惕。