正常情況下，公司章程往往是以設(shè)立協(xié)議為基礎(chǔ)而制定的。設(shè)立協(xié)議的主要內(nèi)容，通常都會(huì)被公司章程所吸收。在這種情況下，設(shè)立協(xié)議與章程之間不可能發(fā)生沖突。但是，如果公司章程與設(shè)立協(xié)議發(fā)生了沖突，則如何適用呢？ (一)如設(shè)立協(xié)議與公司章程發(fā)生沖突時(shí)，應(yīng)以公司章程為準(zhǔn)。 公司設(shè)立協(xié)議的效力期限，一般止于公司成立。也就是說(shuō)，公司一旦成立，則公司設(shè)立協(xié)議的效力就終止了，有關(guān)公司設(shè)立與經(jīng)營(yíng)管理的相關(guān)事項(xiàng)，均應(yīng)由公司章程予以規(guī)范。 　　在現(xiàn)實(shí)生活中，公司章程大多是在公司設(shè)立協(xié)議之后簽署的。根據(jù)法律文件的時(shí)間效力判斷，也應(yīng)當(dāng)以公司章程為準(zhǔn)。 　　另外，公司設(shè)立協(xié)議是內(nèi)部協(xié)議，除參與簽約的股東之外，甚至公司董事等高級(jí)管理人員均可能不知其內(nèi)容。而公司章程是公開(kāi)文件，我國(guó)《公司法》第97條、98條還特別規(guī)定，公司公開(kāi)發(fā)行股票或公司債券必須公開(kāi)披露公司章程。公司章程的公開(kāi)性，是為了有助于公司投資者、債權(quán)人以及交易對(duì)象可以了解公司的組織與運(yùn)行，并據(jù)此做出判斷。所以，對(duì)社會(huì)公眾而言，章程的效力也必須高于公司設(shè)立協(xié)議。 　　在司法實(shí)踐中，當(dāng)事人在公司設(shè)立之后，再以公司設(shè)立協(xié)議為依據(jù)而提出民事訴訟，要求追究股東出資義務(wù)、請(qǐng)求確認(rèn)設(shè)立協(xié)議無(wú)效而解散公司等等，法院一般都不予以支持。 (二)如公司章程中未規(guī)定的事項(xiàng)，股東在公司設(shè)立協(xié)議中予以約定的，該約定對(duì)簽約的股東繼續(xù)有效 　　雖然，公司設(shè)立協(xié)議一般只約定設(shè)立過(guò)程中的相關(guān)權(quán)利義務(wù)，但也有一些公司設(shè)立協(xié)議中會(huì)就公司的存續(xù)甚至今后解散的相關(guān)事項(xiàng)做出約定。這些約定，如果公司章程中沒(méi)有明確規(guī)定，又不違反法律的強(qiáng)制性規(guī)定的，則可以繼續(xù)有效。但其法律效力僅局限在簽約的股東之間。