員工仲裁補償加班工資個稅怎么認定?依據賠償的金額來確定，根據財政部、國家稅務總局《關于個人與用人單位解除勞動關系取得的一次性補償收入免征個人所得稅問題的通知》中規定：個人因與用人單位解除勞動關系而取得的一次性補償收入(包括用人單位發放的經濟補償金、生活補助費和其他補助費用)，其收入在當地上年職工平均工資三倍數額以內的部分，免征個人所得稅;超過的部分按照《國家稅務總局關于個人因解除勞動合同取得經濟補償金征收個人所得稅問題的通知》計算征收個人所得稅。二、企業代扣的情況代扣代繳個人所得稅是行政法規稅法規定的義務。法院屬于司法執法。不是行政執法。法院判企業支付工資，企業執行司法程序按判決書支付工資。同時企業又必須執行稅務行政法規，支付工資時代扣個人所得稅。這是企業執行必須執行的兩個法。即執行司法法規和執行行政法規。不能司法執法代替行政執法。通俗的說就是法院判決支付工資，稅法規定支付工資代扣代繳個人所得稅。所以有法院和稅務局兩個部門。司法執法和行政執法。不支付工資法院可以判你支付工資。不代扣代繳個人所得稅，稅務局執行“扣繳義務人應扣未扣，應收未收稅款的，由扣繳義務人繳納應扣未扣，應收未收稅款以及相應的滯納金或罰款?！薄秱€人所得稅法》第八條的規定：“個人所得稅，以所得人為納稅義務人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人?！薄秱€人所得稅代扣代繳暫行辦法》第十一條也指出：“扣繳義務人應扣未扣，應收未收稅款的，由扣繳義務人繳納應扣未扣，應收未收稅款以及相應的滯納金或罰款。”員工的加班工資沒有發放的情況下，可以向用人單位要求賠償，拒不賠償的可以通過勞動仲裁來進行處理，但是對于相關情況的認定上應當嚴格按照法律規定的情況來處理，特別是對于個稅的繳納上，可以向稅務部門咨詢具體的起征額度來處理。