注冊公司可以保護商標的注冊。因為國家工商局和地方性工商局都對注冊的商標進行全國性的一個保護，在現代企業的經營中，每家企業都會關注自身企業品牌的打造，所以商標的注冊是必不可少的。而且商標是用來區別企業的產品的品牌或服務，是企業的重要的無形資產。也就是說，商標是指代表個人或企業的品牌的重要標志。商標可以用來區別某個商品或服務不同于其他的部分。商標的使用的重要性已經越來越被大家重視。所以企業在注冊公司的時候就要申請商標的保護。而且在我國，從某種意義上講，只有注冊的商標才使企業的工業產權受到產權的保護。 因此，為保護企業的商標，應及時的將商標注冊，從而防止他人使用未受保護的商標對企業自身造成影響，給企業帶來巨大的經濟損失，還會使企業的名譽受到一定的影響。 值得注意的是，注冊的商標名稱和注冊的公司名稱可以是相同的也可以是不同的，但是不能因此就將兩個名稱相混淆，這兩個名稱是兩個不同的概念。 總之，注冊公司可以保護商標的注冊的作用，只有在注冊商標后，企業才擁有商標的專用權，受到法律保護，任何其他人都不敢也不能仿冒，否則被侵權一方就可以依法告其侵權，獲得經濟方面的賠償。但是如果不及時注冊商標，導致被他人搶先注冊了，那對企業的影響是很大的，不僅企業會失去自己苦心經營的市場，并且當確定對方被侵權所獲得的營業收入的時候，因為侵權了對方的商標是要給侵權方賠償的。賠償數額是被侵權方的營業收入的1-3倍之間。這樣一來，不但把掙的錢賠掉，還要背上債務。所以注冊公司后一定要注冊商標。對于這點，我國的商標法是有明確的規定的。