首先，發(fā)票的印制要求不同。增值稅專用發(fā)票由國務(wù)院稅務(wù)主管部門指定的企業(yè)印制；其他發(fā)票由省、自治區(qū)、直轄市國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局指定企業(yè)印制。其次，發(fā)票使用的主體不同。增值稅專用發(fā)票一般只能由增值稅一般納稅人領(lǐng)購使用，普通發(fā)票則可以由從事經(jīng)營活動(dòng)并辦理了稅務(wù)登記的各種納稅人領(lǐng)購使用。再次，發(fā)票的內(nèi)容不同。增值稅專用發(fā)票除了具備普通發(fā)票所具備的內(nèi)容外，還包括納稅人稅務(wù)登記號、不含增值稅金額、適用稅率、應(yīng)納增值稅額等內(nèi)容。第四、發(fā)票的聯(lián)次不同。專用發(fā)票有四個(gè)聯(lián)次、七個(gè)聯(lián)次兩種，而普通發(fā)票則只有三聯(lián)一種。最后，發(fā)票的作用也是不同的。專用發(fā)票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且可以用作購買方扣除增值稅的憑證；而普通發(fā)票除運(yùn)費(fèi)、收購農(nóng)副產(chǎn)品、廢舊物資的按法定稅率作抵扣外，其他一律不予作抵扣使用。《增值稅專用發(fā)票規(guī)定》第三條一般納稅人應(yīng)通過增值稅防偽稅控系，使用專用發(fā)票。使用，包括領(lǐng)購、開具、繳銷、認(rèn)證紙質(zhì)專用發(fā)票及其相應(yīng)的數(shù)據(jù)電文。本規(guī)定所稱防偽稅控系統(tǒng)，是指經(jīng)國務(wù)院同意推行的，使用專用設(shè)備和通用設(shè)備、運(yùn)用數(shù)字密碼和電子存儲技術(shù)管理專用發(fā)票的計(jì)算機(jī)管理系統(tǒng)。